Činnosť Ústavu informatiky spočíva vo vedeckej a výskumnej práci v oblasti informatiky, informačných technológií, teórie riadenia, robotiky a umelej inteligencie. Organizovaná je v oddeleniach a kladie dôraz na nasledujúce výskumné smery: 

• Paralelné a distribuované spracovanie informácií
• Návrh a testovanie číslicových systémov a ich technologická realizácia
• Nano- a mikro-štruktúry a ich realizácia s použitím elektrónovej litografie
• Modelovanie a riadenie diskrétnych procesov
• Robotika, mobilné systémy, senzory a efektory
• Spracovanie reči, spracovanie obrazu, numerické metódy a algoritmy
• Ústav informatiky má tiež dobre zariadené experimentálne laboratórium plošných spojov.